Sedangkan secara administratif, kawasan TNUK ini berada di Kecamatan Sumur dan Kecamatan Cimanggu, Kabupaten Pandeglang, Provinsi Banten.
Kondisi topografi taman nasional ini bervariasi mulai dari datar, landai, bergelombang, berbukit, sampai dengan bergunung-gunung. Salah satu gunung yang ada di kawasan ini adalah Gunung Honje.
Beberapa sungai yang mengalir di kawasan TNUK, antara lain Sungai Cidaum, Sungai Cikuya, Sungai Cibunar, Sungai Cigenter, Sungai Cijungkulon, Sungai Citadahan, Sungai Cikeusik, Sungai Cibandawoh, Sungai Cilentah, Sungai Cijangkah, Sungai Nyawaan, Sungai Nyiur, Sungai Jamang, dan Sungai Ciharashas.
Adapun tipe ekosistem secara keseluruhan di taman nasional ini terbagi menjadi beberapa tipe yaitu ekosistem hutan pantai, ekosistem mangrove, ekosistem rawa air tawar, ekosistem hutan hujan tropika dataran rendah, dan ekosistem padang rumput.
Pengelolaan taman nasional menerapkan sistem zonasi dengan delapan zona. Kedelapan zona tersebut adalah zona inti yang terdiri atas daratan dan perairan, zona rimba, zona perlindungan bahari, zona pemanfaatan, zona tradisional, zona religi, serta zona khusus.
Flora dan Fauna Taman Nasional Ujung Kulon
Taman Nasional Ujung Kulon mempunyai keanearagaman hayati yang sangat berlimpah. Jenis flora tersebut dapat dibagi persebarannya berdasarkan tipe ekosistem di kawasan ini.
Pada ekosistem hutan pantai yang meliputi tepi pantai di bagian barat dan bagian selatan beberapa jenis flora yang dapat dijumpai yaitu katang-katang (Ipomoea pescaprae), kanyere laut (Desmodium umbellatum), tarum laut (Sophora tomentosa), dan juga jukut kiara (Spinifex littoreus).
Selain itu ,pada kawasan berbukit juga dijumpai beberapa jenis pandan seperti pandan duri (Pandanus tectorius) dan pandan bidur (Pandanus bidur). Ada pula waru (Hibiscus tiliaceus), waru laut (Thespesia populena), cente (Lantana camara), serta babakoan (Tournefortia argentea).
Semakin ke belakang juga tumbuh flora seperti pulus (Laportea stimulans), taritih (Drypetes sumatrana), gebang (Corypha utan), langkap (Arenga obtusifolia), kopo (Syzygium spp.), kampis Cina (Hernandia pohan), ketapang (Terminalia catappa), dan butun (Barringtonia asiatica).
