Ada pula pohon bintaro (Carbera manghas), nyamplung (Calophyllum inophyllum), pohpohan (Buchanania arborescens), malapari (Pongamia pinnata), lampeni (Ardisia humilis), dan juga cantigi laut (Pephis acidula).
Vegetasi di ekosistem hutan mangrove didominasi oleh jenis bakau seperti api-api (Avicennia spp.), padi-padi (Lumnitzera racemosa), bakau-bakau (Rhizophora spp.), nipah (Nypa fruticans), bogem (Sonneratia alba),serta pedada (Bruguiera spp.)
Sementara untuk ekosistem hutan rawa air tawar ditumbuhi oleh flora khas seperti lampeni (Ardisia humilis), lembang (Typha angustifolia), sayar (Caryota mitis), salak (Salacca edulis), teki (Cyperus spp.), dan walingi (Cyperus pilosus).
Jenis tumbuhan ada di ekosistem hutan hujan tropika dataran rendah antara lain langkap (Arenga obtusifolia), beberapa spesies palem seperti aren (Arenga pinnata), nibung (Oncosperma filamentosa), jambe (Areca catechu), sayar (Caryota mitis), rotan (Daemonorops spp.), kaman (Licula spinosa), serta gebang (Corypha gebanga).
Tidak hanya sebatas itu, spesies lain yang juga tumbuh di tipe ekosisitem ini antara lain kiara (Ficus spp.), bungur (Lagerstoemia flos), hanja (Anthocephalus chinensis), honje (Nicolaia spp.), laban (Vitex pubescens), bangban (Donax cannaeformis), ki calung (Diospyros macrophylla), tepus (Achasma spp.), serta putat (Planchonia valida).
Ada pula cente (Lantana camara), sulangkar (Leea spp.), salam (Syzygium polyanthum), serta beberapa spesies liana yaitu aeruy kibarela (Cayratia geniculata), areuy kolebahe (Uncaria sp.), areuy jinjing kulit (Ziziphus tupula), dan areuy kecembeng (Embelia javanica).
Ekosistem padang rumput ditumbuhi oleh spesies rumput seperti ilalang (Imperata cylindrica), harendong (Melastoa polyanthum), Cyperus pilosus, Andropogon sp., Cyperus compactus, Panicum repens, Isachne meliacea, dan Panicum colonum.
Beberapa tumbuhan berkayu yang juga tumbuh di taman nasional ini, yaitu kayu gaharu (Aquilaria malaccensis), kayu cempaka (Michelia campaca), dan kayu jambe (Areca catechu). Ada juga anggrek (Dendrobium sp.), dan tangkil (Gnetum gnemon)
